Ubuntu16.04にQiime2をインストールする

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Qiime2(チャイム2)はDNAシーケンスを解析するためのパイプラインです。Qiime2のインストールにはMinicondaが推奨されています。この記事では、Minicondaのインストール、仮想環境へのQiime2のインストールについて解説します。

Minicondaのインストール

インストール

Minicondaのインストールサイトにアクセスし、ダウンロードします。

Miniconda – Conda documentation

Minicondaのバージョンは2と3どちらでも大丈夫です。

Ubuntu16.04を使っているので、Miniconda2 Linux 64-bit(python2.7)を選択しました。Miniconda2-latest-Linux-x86_64.shというファイルがダウンロードされます。

ファイルが存在するディレクトリに移動し、インストールコマンドを実行します。

何度かyesを入力し、ホームディレクトリにMiniconda2というフォルダが作成されれば完了です。

Pathを通す

以下のコマンドを実行します。

一番下に以下を追記します。

以下のコマンドを実行して、変更を反映させます。

Qiime2のインストール

Qiime2のDocumentationに沿って、インストールを行います。

QIIME 2 user documentation 

インストールの前にcondaのバージョンを最新のものにしておきます。

Qiime2をダウンロードします。

ダウンロードしたyamlファイルをもとに、 qiime2-2019.10という環境名で仮想環境を作ります。

構築した仮想環境に入ります。

以下のコマンドを実行して、エラーが無ければQiime2のインストールの完了です。

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