次世代シーケンサー

python

条件を指定してFASTQファイルを複数のFASTQファイルに分ける

FASTQファイルから必要な配列を抜き出して、別のFASTQファイルを作成する方法です。FASTQファイルからの配列の抜き出し、FASTQファイルの作成について解説しています。
ubuntu

Ubuntu16.04にQiime2をインストールする

Qiime2はLinux, Macで動作します。今回は、Ubuntu16.04へのインストール方法をご紹介します。Minicondaを使ったインストールが推奨されているので、Minicondaインストール、続いて、Qiime2のインストールに関して解説します。
次世代シーケンサー

TrimmomaticでFASTQファイルを処理する(クオリティスコアで配列をトリムする)

TrimmomaticでFASTQファイルの処理を行う方法を書きました。クオリティスコアを指定して配列をトリミングする方法を説明しています。
python

【python】ファイルから読み込んだDNA配列から相補鎖のDNA配列(Complement Strand)を作る

DNA配列の相補鎖をpythonで作る方法です。FASTAファイル、FASTQファイル、CSVファイルからの読み込みに対応したコードを書いています。
python

【python】文字列の文字を置換する方法とその注意点

pythonで文字列の文字を置換するときの、replaceとtranslateを使った書き方を紹介しています。replaceを使う際の注意点についても書きました。
python

pythonで文字列の類似度を比較する

pythonで二つの文字列を比較する方法をご紹介します。類似度をパーセンテージで表す方法と編集距離で評価する方法について書きました。